В мире науки происходят странные события, из-за чего учёные приходят к выводу, что некая инопланетная цивилизация контролирует технический прогресс на Земле.

Современную Японию, в общем-то благополучную во всех сферах, будоражит проблема мигрантов. Страна радушно распахнула свои двери иностранцам, но тех не устраивает проводимая в их отношении политика, и они устраивают митинги, выдвигая свои требования. Всё это никак не касалось обычного офицера полиции Брайана Найтрайдера, пока его не выперли со службы. После этого Брайана пригласили на работу в недавно учреждённый отдел «Рубеж» — оперативную группу миграционного бюро ООН. Предполагается, что теперь он будет заниматься проблемой маргинализации, когда иммигранты не в состоянии адаптироваться к новым условиям жизни. Можно предположить, что Брайану придётся разгонять протестующих, но это совсем не так. На первой встрече его новый начальник Теодор Томпсон рассказывает, что в их юрисдикции находятся дела неопознанных таинственных существ, которые давно живут рядом с людьми. Раньше они были известны как ёкаи, но в рамках организации получили термин — междуземцы. К сожалению, среди них тоже встречаются преступники. Однако есть и те, кто просто желает жить в мире. Брайану близки их чувства, ведь он сам иммигрант из США. Сможет ли он что-то изменить для маргиналов и тех, кто не хочет ими стать?

Жизнь 12-летнего Дэна Кудзо и его команды кардинально меняется в день, когда они знакомятся с бакуганами, прилетевшими с другой планеты. Теперь ребята и бакуганы борются со злодеями, которые пытаются использовать инопланетян в своих коварных целях.

Действие аниме происходит в параллельном мире. В одном городе живёт мальчишка, который, разбирая имущество почившего отца, нашёл в его вещах сломанные ножницы. Показав их матери, он узнал, что отец в прошлом был садовником. После выяснилось, что ножницы эти смастерил изобретатель Сасукэ, проживающий в другой стране. Мальчику предстоит проделать огромный трудный путь к дому Сасукэ, чтобы тот починил изготовленные им ножницы.